Pakertų lopšelyje – darželyje ugdymas organizuojamas vadovaujantis šiomis programomis:

Kūrybinio kompleksinio ugdymo programa „Vėrinėlis“.
Bendroji priešmokyklinio ugdymo ir ugdymosi programa.

2003 metais Pakertų lopšelis darželis įtrauktas į Lietuvos sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą, o darželio pedagogai įstojo į asociaciją „Sveikatos želmenėliai“, be pagrindinių ugdymo programos „Vėrinėlis“ reikalavimų, darželyje ugdomi saugios ir sveikos gyvensenos įgūdžiai. Sveikatos ugdymas apima ekologinį vaikų ugdymą, higieninį vaikų auklėjimą, vaikų fizinio aktyvumo skatinimą, sveikos mitybos organizavimą.